Infections des tissus mous à Mycobacterium abscessus associées à l’injection sous-cutanée d’agents lipolytiques

Résumé

Contexte : La gestion des éclosions d’infections de la peau et des tissus mous attribuables à Mycobacterium abscessus (M. abscessus) nécessite une collaboration entre les cliniciens, les autorités de santé publique et les laboratoires de référence fournissant l’identification moléculaire et le génotypage des bactéries.

Objectif : Cette étude rapporte une éclosion d’infections de la peau et des tissus mous attribuables à M. abscessus liée à des traitements de mésothérapie à Montréal, au Canada. Nous présentons une approche innovante combinant les données de séquençage du génome entier longue lecture par Nanopore et courte lecture Illumina avec un nouveau pipeline bioinformatique d’épidémiologie moléculaire en libre accès pour soutenir les enquêtes de santé publique en relevant les isolats génomiquement apparentés.

Méthodes : Des enquêtes de santé publique et des questionnaires destinés aux médecins ont été utilisés pour l’identification et l’étude des éclosions. Les génomes complets de six isolats provenant de quatre personnes ont été séquencés. Les données Nanopore et Illumina ont été combinées pour assembler les génomes de novo en utilisant une approche hybride. Les polymorphismes de nucléotides simples (SNP) ont été identifiés dans chaque génome en mettant en correspondance les lectures courtes avec un génome de référence. Les distances de polymorphismes de nucléotides simples entre les isolats et entre les isolats et le génome de référence ont été utilisées parallèlement à des analyses d’alignement de SNP pour évaluer la similarité génétique entre les isolats et d’autres génomes contemporains de M. abscessus.

Résultats : Les personnes identifiées avaient reçu des injections de mésothérapie de la part de la même esthéticienne au cours d’une période d’un mois. Les isolats de l’éclosion étaient génomiquement presque identiques, ne différant que de 0 à 2 SNP lorsque l’on utilise l’isolat le plus ancien comme référence. Un arbre phylogénétique a révélé une distinction génétique entre les isolats de l’éclosion et d’autres isolats contemporains de M. abscessus de Montréal.

Conclusion : Le séquençage génomique et l’approche bioinformatique présentée peuvent relever la parenté génomique de M. abscessus suggérant des éclosions cliniques. Cette approche peut soutenir les enquêtes de santé publique, en particulier lorsque les liens épidémiologiques sont incertains.

Introduction

Les mycobactéries non tuberculeuses sont des organismes ubiquitaires que l’on trouve dans les établissements de santé et dans d’autres environnements et qui provoquent des éclosions d’infections de la peau et des tissus mous, des infections pulmonaires, des ganglions lymphatiques et des infections articulaires ^{Footnote 1Footnote 2Footnote 3Footnote 4}. Le diagnostic et le traitement des infections des tissus mous à Mycobacterium abscessus (M. abscessus) sont particulièrement difficiles en raison de leur présentation nodulaire souvent atypique et légèrement inflammatoire, de l’incapacité des cultures bactériennes conventionnelles à identifier cette mycobactérie à croissance rapide et de sa résistance innée et acquise aux agents antimicrobiens disponibles ^{Footnote 3Footnote 5}. Des éclosions d’infections de la peau et des tissus mous par M. abscessus ont déjà été signalées chez des personnes immunodéprimées, à la suite d’une exposition à de l’eau contaminée, en tant que complication post-opératoire de la chirurgie plastique ou à la suite de tatouages, d’acupuncture et de traitements de mésothérapie—une procédure dans laquelle de multiples injections de produits pharmaceutiques ou de vitamines sont administrées dans la couche mésodermique des tissus cutanés pour favoriser la perte de graisse ou de cellulite ^{Footnote 5Footnote 6Footnote 7}. Les enquêtes sur les éclosions passées ont nécessité des efforts coordonnés entre la santé publique, les professionnels cliniques et les laboratoires de référence fournissant l’identification moléculaire et le génotypage des bactéries ^{Footnote 8Footnote 9}.

La disponibilité accrue des plateformes de séquençage de nouvelle génération et le développement de pipelines d’analyse de données semi-automatiques favorisent l’adoption croissante du typage moléculaire basé sur le séquençage de nouvelle génération pour l’investigation des éclosions par les laboratoires de santé publique et de microbiologie clinique ^{Footnote 10}. Le séquençage du génome entier (SGE) des bactéries permet une discrimination beaucoup plus grande des isolats regroupés sur le plan épidémiologique et contribue donc à soutenir ou à réfuter les résultats des enquêtes de santé publique standard ^{Footnote 11Footnote 12Footnote 13}. En combinant SGE et enquêtes épidémiologiques, Olawoye et al. ont récemment montré que la transmission interhumaine de M. abscessus associée aux soins de santé était rare sur l’île de Montréal ^{Footnote 14}. Dans une étude multi-pays comparant des souches provenant d’éclosions mondiales distincts de M. abscessus, Tettelin et al. ont souligné que si les souches provenant de la même éclosion étaient regroupées, une grande parenté génomique pouvait également être observée entre des isolats sans lien épidémiologique ^{Footnote 15}. Les systèmes de typage moléculaire basés sur le séquençage de nouvelle génération doivent être bien adaptés à la diversité et à l’évolution génomiques intrinsèques des agents pathogènes afin de compléter au mieux les enquêtes de santé publique et d’étayer ou d’infirmer avec précision la parenté des isolats.

Nous rapportons l’investigation d’une éclosion d’infections cutanées M. abscessus associée à des procédures de mésothérapie au Québec. Nous décrivons également une approche innovante unique combinant des données de séquence à lecture longue et à lecture courte pour améliorer la résolution de notre analyse d’épidémiologie moléculaire. Ce nouveau pipeline bioinformatique pour l’analyse phylogénétique des isolats de M. abscessus est librement accessible.

Méthodes

Enquête de santé publique

En 2021, un clinicien spécialiste en maladies infectieuses a signalé à la Direction de la santé publique de Montréal un cas de panniculite disséminée associée à des injections de mésothérapie. Bien que les infections à M. abscessus ne soient pas une maladie à déclaration obligatoire au Québec, le médecin traitant avait perçu un risque potentiel pour le public puisque les injections esthétiques étaient le seul facteur de risque identifiable. Une enquête a été ouverte pour cibler et tenter d’éliminer la source de l’infection. Un entretien avec l’esthéticienne a été mené afin de répertorier les produits d’injection utilisés et de passer en revue les pratiques de contrôle des infections. Une liste détaillée des anciens clients ayant subi des procédures de mésothérapie utilisant le même produit injectable et les mêmes procédures a été obtenue. Les cas supposés d’éclosion ont été définis comme des personnes présentant des infections de la peau et des tissus mous par M. abscessus confirmées microbiologiquement, ayant reçu le même produit injecté par la même esthéticienne. Les cas ont été établis en examinant les dossiers médicaux des clients, y compris les infections cutanées et les résultats positifs des cultures pour M. abscessus. Les médecins traitants de toutes les personnes nouvellement identifiées comme infectées ont été invités à remplir un questionnaire recueillant des données de base sur l’épidémiologie, la présentation clinique et la microbiologie (appendice, matériel supplémentaire).

Séquençage génomique et analyse bioinformatique

Les isolats mycobactériens ont d’abord été cultivés par des laboratoires cliniques hospitaliers et envoyés au Laboratoire de santé publique du Québec pour la spéciation de M. abscessus à l’aide du séquençage de l’ARN 16s. Tous les isolats disponibles de toutes les personnes ont été récupérés et inclus dans l’analyse moléculaire. Un isolat clinique contemporain de M. abscessus sélectionné au hasard à Montréal (contrôle X) a été inclus comme contrôle pour les procédures de laboratoire et les analyses bioinformatiques. L’ADN mycobactérien a été extrait d’une culture pure et séquencé à l’aide des plateformes de séquençage de nouvelle génération Illumina et Oxford Nanopore (appendice, matériel supplémentaire). Tous les isolats ont passé les contrôles de qualité du séquençage, y compris la couverture génomique avant correspondance et l’absence de données contaminantes (appendice, matériel supplémentaire).

Les données de séquençage ont été analysées selon les méthodes décrites précédemment par Waglechner et al. ^{Footnote 13}. Les données de séquençage Nanopore et Illumina ont été analysées ensemble à l’aide du moteur de flux de travail Snakemake (version 7.32.4) pour exécuter le pipeline suivant en utilisant la branche « hybride » ^{Footnote 16}. Kraken2 v2.1.3, utilisant une base de données MiniKraken préconstruite (version k2_plusfp_20220908_16) contenant des séquences bactériennes, virales, humaines, archéales, vectorielles, plasmidiques, protozoaires et fongiques, a été utilisé pour l’affectation taxonomique et la vérification de la contamination de chaque ensemble de données de séquences brutes (Nanopore et Illumina) pour chaque échantillon ^{Footnote 17Footnote 18}. En utilisant des données à lecture courte, un assemblage de novo a été réalisé et attribué à la sous-espèce la plus appropriée en utilisant mashtree avec des séquences de référence de Mycobacterium tuberculosis H37Rv (outgroup) (NC_000962) et les trois sous-espèces M. abscessus : M. abscessus sous-espèce abscessus ATCC 19977 (NCBI GCF_000069185.1), M. abscessus sous-espèce massiliense CCUG 48898/JCM 15300 (NCBI GCF_000497265.2) et M. abscessus sous-espèce bolletii BD (NCBI GCF_003609715.1) ^{Footnote 18}. Un assemblage hybride de novo a également été préparé pour chaque échantillon avec des données de lecture longue et courte en utilisant dragonfly v1.2.1 avec trois tours de polissage de lecture courte avec polypolish v0.6.0 ^{Footnote 19Footnote 20}.

Tout d’abord, afin d’évaluer la parenté des isolats des personnes touchées par l’éclosion, les assemblages à lecture courte de novo des échantillons pour les cas A à D ont été mis en correspondance avec 1) la sous-espèce M. abscessus de la sous-espèce massiliense CCUG 48898 et 2) l’assemblage hybride à lecture courte du cas le plus précoce de l’éclosion putative (cas B) en utilisant bwa-mem 2 v2.2.1 avec les paramètres par défaut ^{Footnote 19}. Les polymorphismes de nucléotides simples (SNP) ont été identifiés à l’aide de samtools mpileup v1.14 ^{Footnote 15}. Les variants ont été extraits dans un alignement et soumis à une correction de recombinaison à l’aide de gubbins v3.3.0 et comptés à l’aide de snp-dists v0.8.2 pour évaluer la parenté des isolats ^{Footnote 21}. Les correspondances de SNP de base ont été analysés par iqtree v2.3.6 avec des bootstraps ultrarapides afin d’examiner la parenté des isolats d’éclosions dans le contexte de l’utilisation soit d’un isolat d’éclosion (assemblage hybride du cas B), soit d’un type de sous-espèce (M. abscessus sous-espèce massiliense CCUG 48898) en tant que génome de référence. ETE (v3.1.1) a été utilisé pour visualiser les arbres phylogénétiques du maximum de vraisemblance ^{Footnote 22}.

Deuxièmement, afin de confirmer le regroupement des isolats de l’épidémie au sein des souches locales de M. abscessus en circulation, un génome central a été estimé à partir des cadres de lecture ouverts prédits présents dans au moins 99 % de tous les assemblages issus des isolats de l’épidémie et de 220 génomes supplémentaires récents de M. abscessus provenant de Montréal, issus de l’étude d’Olawoye et al., en utilisant le flux de travail pangénomique de bactopia v3.1.0 avec les paramètres par défaut ^{Footnote 14Footnote 23}.

Disponibilité des données

Les données de séquençage du génome entier sont disponibles dans la base de données GenBank du National Center for Biotechnology Information (ID bioprojet 1221978).

Enquête de santé publique

L’enquête initiale n’a porté que sur les deux premiers clients et a révélé qu’une esthéticienne avait pratiqué des injections de mésothérapie dans un local commercial loué. Les services esthétiques ont été annoncés sur les médias sociaux dans le cadre d’un forfait spa et ont été effectués sur un total de cinq clients au cours d’une période d’un mois. Parmi eux, l’enquête de santé publique et l’examen des dossiers médicaux ont conclu que quatre clients étaient infectés (figure 1). Dans les jours qui ont suivi les procédures d’injection, les quatre personnes ont présenté des nodules érythémateux sous-cutanés à différents endroits où les injections avaient eu lieu, notamment à la taille, dans le bas du dos et sur les cuisses, accompagnés de symptômes systémiques (fièvre, frissons, fatigue). Les personnes infectées ne présentaient pas d’autres facteurs de risque d’infection mycobactérienne, tels que l’immunosuppression, l’implantation de matériel étranger ou d’autres interventions chirurgicales. Les cultures de biopsie cutanée ont confirmé que M. abscessus était l’agent étiologique chez les quatre personnes, dont deux avec deux isolats distincts cultivés chacun (C-1 et C-2, D-1 et D-2). La prise en charge clinique et le traitement de chaque personne ont été récupérés (appendice, matériel supplémentaire).

Figure 1 - Équivalent textuel

Cette figure présente une chronologie horizontale d’une éclosion de Mycobacterium abscessus à Montréal, montrant les événements cliniques pour quatre patients (A, B, C et D) sur une période de 14 mois. L’axe horizontal représente le temps en mois, le mois 0 étant défini comme la date des premières injections du patient. L’axe vertical énumère les patients A à D.

Pour chaque patient, plusieurs intervalles de temps et événements sont affichés :

• La période d’incubation est représentée par une courte barre au début de la chronologie de chaque patient, représentant le temps écoulé entre l’injection et l’apparition des symptômes. Cette période se situe approximativement dans les 1 à 2 premiers mois pour tous les patients.
• La période de traitement définitif est représentée par des barres horizontales plus longues commençant après le diagnostic et s’étendant sur des durées variables. La durée du traitement est d’environ :
  • Patient A : environ 1 mois (approximativement du 5^e au 6^e mois)
  • Patient B : environ 5 mois (approximativement du 3^e au 8^e mois)
  • Patient C : environ 6 mois (approximativement du 5^e au 11^e mois)
  • Patient D : environ 1 à 1,5 mois (approximativement les mois 4 à 5,5)
• La temporalité du prélèvement de l’échantillon est indiquée par des marqueurs circulaires. Pour tous les patients, au moins un échantillon est prélevé vers le 3^e mois. Les patients C et D présentent des échantillons répétés prélevés au fil du temps, tenant compte des lésions persistantes.
• La temporalité de la chirurgie est indiqué par des marqueurs « X ». Des interventions chirurgicales ont lieu :
  • Patient A : vers le 5^e mois
  • Patient B : vers le 13^e mois
  • Patient C : vers les 5^e et 11^e mois
  • Patient D : procédures multiples entre les 4^e et 6^e mois environ
• Une ligne verticale à environ 2,5 mois marque la fin des activités d’injection à risque par l’esthéticienne. Toutes les expositions initiales et les périodes d’incubation ont lieu avant ce moment, alors que la plupart des diagnostics, des traitements et des interventions ont lieu après.

Globalement, la figure montre que les symptômes sont apparus peu de temps après l’exposition, tandis que le traitement et la prise en charge clinique se sont étendus sur plusieurs mois, avec une variabilité dans la durée et la nécessité d’interventions répétées chez les patients.

Une lettre recommandée fondée sur les dispositions de la loi québécoise sur la santé publique a ordonné à l’esthéticienne de cesser toute activité. L’esthéticienne avait jeté tous les produits d’injection après que les clients eurent signalé des réactions indésirables, de sorte que ces produits n’étaient pas disponibles pour la culture. Le produit de mésothérapie n’avait pas de numéro d’identification de médicament dans la base de données des produits pharmaceutiques de Santé Canada et n’était pas un produit naturel homologué dans la base de données des produits de santé naturels homologués de Santé Canada ^{Footnote 24Footnote 25}. L’unité de triage centralisée de Santé Canada, Direction générale des opérations réglementaires et de l’application de la loi, a été alertée de la possible contamination du produit par M. abscessus. Le cas a été transmis à l’unité Est de la conformité des produits de santé de Santé Canada qui a effectué une vérification de la conformité du produit; cependant, les résultats de l’enquête, y compris les informations supplémentaires obtenues par communication directe avec le fabricant, n’ont pas été partagés conformément à la Loi sur la protection des renseignements personnels. En février 2025, l’unité Est de conformité des produits de santé a déclaré qu’il n’y avait plus de non-conformité pour ce produit. En outre, aucun rappel ou alerte de sécurité n’a jamais été émis pour le produit selon la base de données des rappels et alertes de sécurité du gouvernement du Canada ^{Footnote 26}.

Analyse moléculaire de la parenté des isolats de l’éclosion

Tous les isolats liés à l’éclosion ont été identifiés comme M. abscessus sous-espèce massiliense. L’isolat de contrôle clinique contemporain a été identifié comme M. abscessus sous-espèce abscessus et exclu des comparaisons binaires de SNP subséquentes en utilisant la référence de l’assemblage hybride propre à l’éclosion. Les données à lecture courte provenant des isolats de l’éclosion et mises en correspondance avec un assemblage d’un isolat de l’éclosion précoce (cas B) ont montré une couverture de mise en correspondance de 100 %. Les isolats de l’éclosion étaient presque identiques les uns aux autres en termes de distance SNP par paire, allant de 0 à 2 SNP. La même procédure utilisant la M. abscessus sous-espèce massiliense CCUG 48898 comme référence a donné des distances SNP par paire allant de 32 à 50 SNP entre les isolats des éclosions, tandis que les isolats des éclosions se situaient entre 26 612 et 26 644 SNP par paire par rapport à la référence (figure 2, figure 3). Des isolats cliniques cultivés séquentiellement chez la même personne (p. ex., C-1 ou C-2, D-1 ou D-2), prélevés jusqu’à huit mois d’intervalle, n’étaient pas plus étroitement liés à l’isolat le plus précoce de chaque paire qu’à des isolats provenant d’autres personnes.

Figure 2 - Équivalent textuel

Cette figure contient deux panneaux (a et b), chacun montrant un arbre phylogénétique de vraisemblance maximale des isolats de Mycobacterium abscessus de l’éclosion de Montréal. Les deux arbres décrivent la parenté génétique entre les isolats de six cas cliniques (cas A, B, C-1, C-2, D-1 et D-2), la longueur des branches représentant la distance génétique.

Panneau a :

L’arbre phylogénétique est ancré à l’aide d’un génome de référence étiqueté M. abscessus sous-espèce massiliense CCUG 48898 (indiqué en gras). Tous les isolats des éclosions se regroupent étroitement sur une seule branche, distincte du génome de référence, ce qui indique une grande similarité génétique entre les cas par rapport à la référence externe. La barre d’échelle indique une distance génétique de 0,002 substitution par site. Au sein du groupe d’éclosions, les isolats des cas C-1, D-1, A, C-2, B et D-2 sont pratiquement impossibles à distinguer, de très courtes longueurs de branche les séparant.

Panneau b :

L’arbre phylogénétique est reconstruit en utilisant un génome assemblé de novo du cas C-1 comme référence (indiqué en gras comme « Cas C-1 de novo »). Dans cet arbre, tous les isolats de l’éclosion sont à nouveau étroitement regroupés, avec des distances génétiques minimales entre eux. La barre d’échelle indique une distance génétique beaucoup plus faible (8,54 × 10^-8 substitutions par site), tenant compte de la haute résolution de la comparaison au sein de l’éclosion. Des différences mineures de ramification sont visibles entre les isolats, mais tous les cas restent étroitement liés, ce qui est cohérent avec une source commune.

Dans les deux panneaux, les arbres montrent que les isolats de tous les patients sont très similaires sur le plan génétique, ce qui justifie leur inclusion dans un seul groupe d’éclosions, une variation minime étant observée entre les échantillons provenant d’une même personne ou de personnes différentes.

Figure 3 - Équivalent textuel

Cette figure présente deux matrices de distance de polymorphisme nucléotidique simple (SNP) par paire comparant des isolats de Mycobacterium abscessus provenant de six cas d’éclosion (A, B, C-1, C-2, D-1 et D-2), ainsi que des génomes de référence.

Panneau a :

Les distances sont calculées à l’aide des données de séquençage Illumina mises en correspondance avec le génome de référence M. abscessus sous-espèce Massiliense CCUG 48898. La souche de référence présente de très grandes distances génétiques par rapport à tous les isolats de l’éclosion (de l’ordre de dizaines de milliers de SNP), ce qui indique qu’elle est très divergente. En revanche, tous les isolats des éclosions sont étroitement liés les uns aux autres, les distances par paire étant généralement de l’ordre de quelques dizaines de SNP. Les variations au sein de ce groupe sont modestes et relativement uniformes, sans qu’il soit possible de distinguer clairement des sous-groupes en fonction des patients. Les distances entre les échantillons d’une même personne sont d’une ampleur similaire à celles observées entre différentes personnes.

Panneau b :

Les distances sont recalculées à l’aide d’un assemblage de novo de longs fils provenant d’un cas d’éclosion précoce (cas C-1) comme référence. Dans ce panel, les distances par paire entre les isolats de l’éclosion sont minimes, allant généralement de zéro à deux SNP. Plusieurs paires d’isolats sont identiques (différences SNP nulles), tandis que les différences les plus importantes observées se limitent à deux SNP. Cette tendance se retrouve dans tous les cas, sans qu’il y ait de regroupement ou de séparation distincte entre les patients.

Dans l’ensemble, les deux panneaux montrent que si les distances absolues entre les SNP varient en fonction du génome de référence utilisé, la relation relative reste cohérente : tous les isolats des éclosions forment un groupe très homogène avec une variation génétique minimale et aucune stratification évidente par cas.

Regroupement des isolats de l’éclosion parmi les souches circulant localement

Le pangénome a été construit à l’aide d’assemblages provenant des six isolats de l’éclosion et de l’isolat de contrôle X, ainsi que de 220 autres isolats de M. abscessus recueillis de 2010 à 2018 et récemment publiés par l’île de Montréal et d’autres laboratoires québécois ^{Footnote 5}. Le génome central (séquences retrouvées dans 99 % ou plus des génomes) se compose de 3 403 cadres de lecture ouverts totalisant 3 951 644 pb une fois alignées. Après détection et masquage des recombinaisons à l’aide de ClonalFrameML, les SNP par paire ont été comptés à partir de cette correspondance et utilisés pour produire un arbre phylogénétique de 227 isolats montréalais de M. abscessus des trois sous-espèces (figure 4). Cet arbre montre que les isolats de l’éclosion sont distincts des autres isolats de la sous-espèce massiliense précédemment séquencés, à l’exception d’un seul. Cet isolat avait été cultivé à partir de la voie respiratoire d’un patient atteint de mucoviscidose qui n’avait pas reçu de traitement par mésothérapie et qui n’avait aucun lien épidémiologique avec les personnes touchées par l’éclosion.

Figure 4 - Équivalent textuel

Cette figure montre un arbre phylogénétique basé sur les polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) du génome central pour les isolats de Mycobacterium abscessus collectés à Montréal en 2025. L’arbre comprend des isolats d’éclosions provenant de six cas cliniques (A, B, C-1, C-2, D-1 et D-2) et un ensemble plus large d’environ 220 isolats supplémentaires provenant de la même région géographique.

Les branches représentent les relations génétiques, la longueur des branches correspondant à la distance génétique. Une barre d’échelle indique le niveau de divergence.

Les isolats sont annotés sur le côté droit par une bande de couleur verticale indiquant les sous-espèces : bleu pour M. abscessus sous-espèce abscessus, rouge pour M. abscessus sous-espèce massiliense, et rose pour M. abscessus sous-espèce bolletii. Un isolat de contrôle étiqueté (« Contrôle X ») est placé dans l’arbre plus large, à l’extérieur du groupe d’éclosions.

Les isolats de l’éclosion sont regroupés dans la partie M. abscessus sous-espèce massiliense de l’arbre, formant un groupe serré avec des longueurs de branche très courtes, ce qui indique une grande similarité génétique. Ce groupe est clairement séparé des autres isolats de M. abscessus de l’ensemble de données de Montréal, qui présentent une plus grande diversité génétique et sont répartis sur plusieurs branches.

Dans l’ensemble, la figure montre que les isolats associés à l’éclosion sont étroitement liés les uns aux autres et distincts de la population plus large de M. abscessus circulant à Montréal.

Discussion

Au cours de cette enquête sur une éclosion d’infection à M. abscessus, nous avons confirmé la capacité d’une enquête épidémiologique conventionnelle à identifier de manière exhaustive les personnes impliquées dans une éclosion de source ponctuelle. Nous avons également développé une approche moléculaire améliorée qui exploite les données de séquences à lecture courte (Illumina) et longue (Nanopore) pour confirmer la parenté des cas épidémiologiquement liés et évaluer le regroupement moléculaire de leurs isolats bactériens au sein d’un catalogue étendu de souches circulant localement.

Les services d’esthéticiennes et l’accès facile aux produits d’injection en ligne ne relèvent pas de la réglementation de Santé Canada. Au Québec, toute personne souhaitant recevoir des injections de produits réglementés à des fins esthétiques doit se soumettre à une évaluation médicale préalable afin qu’un médecin puisse établir un plan de traitement personnalisé. Une infirmière ou une infirmière auxiliaire agréée peut, sur prescription, entreprendre ces traitements. Les services des esthéticiennes n’étant pas réglementés, il est important que le public soit conscient des risques associés aux traitements invasifs qui ne devraient être prodigués que sous contrôle médical. Dans ce contexte, nous soulignons l’importance de la signalisation des cas par les professionnels de la santé aux services de santé publique. L’enquête sur cette éclosion a été lancée à la suite du signalement par des médecins d’une infection post-injection. Les autorités de santé publique ont la responsabilité d’enquêter sur les menaces réelles et perçues pour la santé publique; comme on l’a vu dans cette enquête, elles font usage de l’autorité que leur confère la loi pour ordonner la cessation des activités ou de l’utilisation des produits suspects, jusqu’à ce qu’une enquête de santé publique puisse être menée à bien et que la menace soit éliminée ou diminuée.

L’un des points forts de notre enquête est la combinaison de l’enquête épidémiologique traditionnelle et de l’épidémiologie moléculaire par séquençage multimodal. En utilisant des isolats cliniquement apparentés provenant de cette enquête sur l’éclosion, nous avons étendu notre pipeline bioinformatique M. abscessus précédemment publié pour utiliser les données de lecture longue des instruments d’Oxford Nanopore ^{Footnote 15}. Les données à lecture longue ont permis de produire des assemblages de génomes essentiellement fermés et complets des isolats de l’éclosion et d’utiliser une référence plus pertinente pour l’analyse SNP par paire. Avant la généralisation du séquençage à longue lecture, la cartographie reposait sur l’utilisation de la séquence génomique publique la plus proche, ce qui, dans la pratique, pouvait entraîner un biais dans l’identification des SNP. Ce biais peut être constaté lors de la mise en correspondance de nos isolats d’éclosions avec la souche M. abscessus de la sous-espèce massiliense CCUG 48898, où les isolats cliniques présentaient collectivement une différence d’environ 28 000 SNP par rapport à la souche de référence. Plus important encore, des biais ont été introduits lors des étapes de cartographie et d’appel de SNP qui ont exagéré les différences entre les isolats de l’éclosion. En utilisant l’assemblage complet de novo du cas C-1 comme référence, 100 % de la référence a été couverte, révélant une variabilité génomique limitée entre les isolats de l’éclosion, chacun d’entre eux se situant dans une fourchette de 0 à 2 SNP les uns des autres.

Dans cette étude, tous les isolats de l’éclosion se sont révélés presque identiques sur le plan génétique. Les isolats échantillonnés séquentiellement chez les mêmes personnes infectées ne présentaient pas de parenté génomique plus élevée ou plus faible (p. ex., C-1 et C-2, D-1 et D-2). Des études antérieures ont suggéré que la M. abscessus sous-espèce massiliense a un taux de mutation plus faible que les autres M. abscessus ^{Footnote 27Footnote 28Footnote 29}. Dans une étude précédente d’épidémiologie moléculaire de M. abscessus menée sur neuf ans, les isolats cliniques prélevés chez la même personne se sont préférentiellement regroupés ^{Footnote 14}. Bryant et al. a suggéré que les distances SNP inférieures à 25 étaient associées à des isolats apparentés de la M. abscessus sous-espèce massiliense et que les distances SNP de 50 à 200 étaient corrélées à des groupes distincts ^{Footnote 27}. Doyle et al. ont trouvé des distances de SNP médianes de 2 084 au sein d’un même groupe de séquences et ont préconisé l’appel de variants par rapport à des séquences de référence génétiquement plus similaires ou, lorsqu’elles ne sont pas disponibles, par rapport au premier échantillon isolé, afin de mieux mettre en évidence les différences entre les souches et de dissocier les séquences génétiquement similaires ^{Footnote 30}. Nous pensons que les différences entre l’évolution bactérienne au sein de l’hôte dans les poumons et les infections des tissus mous, l’approche analytique bioinformatique et le choix de la séquence de référence de correspondance expliquent ces différences entre les résultats publiés précédemment et les nôtres. Parmi les autres éclosions de M. abscessus de la peau et des tissus mous signalées précédemment, l’une d’entre elles comprenait une analyse SGE basée sur le séquençage à lecture courte et a également révélé que les isolats apparentés se trouvaient à moins de trois SNP les uns des autres et que les isolats environnementaux sources ^{Footnote 6}.

Conclusion

Les éclosions d’infections cutanées à mycobactéries non tuberculeuses peuvent être associées à des produits d’injection à visée esthétique. Le SGE bactérien et le pipeline bioinformatique présenté peuvent soutenir les enquêtes d’éclosions de M. abscessus. La combinaison des données de séquençage Nanopore et Illumina pour les analyses de regroupement moléculaire représente une nouvelle approche pour améliorer l’analyse de regroupement des isolats cliniques de M. abscessus. Le séquençage génomique est d’une grande utilité lorsque le regroupement moléculaire confirme une suspicion clinique d’infection iatrogène.

Déclaration des auteurs

X. Q.-N. — Méthodologie, validation, analyse formelle, enquête, rédaction–version originale, visualisation
N. W. — Méthodologie, logiciel, validation, analyse formelle, conservation des données, rédaction–version originale, visualisation
M. V. — Enquête, analyse formelle, conservation des données, rédaction–version originale
P.-A. V. — Enquête, rédaction–révision et édition
F. P. — Logiciel, analyse formelle, conservation des données, rédaction–révision et édition
B. T. — Enquête, rédaction–révision et édition
M. Z.-N. — Enquête, rédaction–révision et édition
C. T. — Enquête, rédaction–révision et édition
N. P. — Analyse formelle, enquête, rédaction–révision et édition
M. T. — Enquête, rédaction–révision et édition
A. U. — Enquête, rédaction–révision et édition
P.-M. A. — Analyse formelle, enquête, rédaction–révision et édition
J. C. — Analyse formelle, enquête, rédaction–révision et édition
R. L. — Logiciel, validation, analyse formelle, ressources, supervision, rédaction–révision et édition
S. G. L — Conceptualisation, méthodologie, validation, enquête, ressources, conservation des données, rédaction–révision et édition, supervision, administration du projet

Xavier Quan-Nguyen, Nicholas Waglechner et Maxime Veillette ont contribué à parts égales à cet article.

Le contenu et les opinions exprimées dans cet article sont ceux des auteurs et ne reflètent pas nécessairement ceux du gouvernement du Canada.

Intérêts concurrents

Les auteurs n’ont déclaré aucun conflit d’intérêts.

Identifiants ORCID

Xavier Quan-Nguyen — 0009-0005-1448-4418
Maxime Veillette — 0000-0002-0493-3428
Melissa Zarandi-Nowroozi — 0000-0003-3635-4292
Joseph Cox — 0000-0002-7041-1556
Robyn Lee — 0000-0001-7120-9053
Simon Grandjean Lapierre — 0000-0003-3646-1573

Remerciements

Aucun.

Financement

Aucun financement dédié n’a été obtenu pour cette étude. N. K. bénéficie d’une bourse de chercheur clinicien octroyée Fonds de Recherche Québec – Santé (n^o 367743).

Appendice

Du matériel supplémentaire est disponible sur demande auprès de l’auteur : simon.grandjean.lapierre@umontreal.ca

Figure S1 : Questionnaire de collecte des données

Figure S2 : Extraction et séquençage de l’ADN mycobactérien

Figure S3 : Mesures de la qualité du séquençage

Figure S4 : Prise en charge clinique et traitement

Tableau S1 : Traitement et prise en charge clinique des patients atteints après l’éclosion de Mycobacterium abscessus