Surveillance des infections invasives à streptocoques du groupe A au Canada, 2023

Résumé

Contexte : La maladie invasive à streptocoque du groupe A (SGAi, causée par Streptococcus pyogenes) est une maladie à déclaration obligatoire au Canada depuis 2000.

Objectif : Résumer les données démographiques, les types emm et la résistance aux antimicrobiens des isolats de SGAi au Canada en 2023.

Méthodes : Le Laboratoire national de microbiologie (Winnipeg, Manitoba) de l'Agence de la santé publique du Canada collabore avec les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour assurer la surveillance nationale des infections invasives à Streptococcus pyogenes. Les types emm ont été extraits à partir de données de séquençage du génome entier, et leur sensibilité aux antimicrobiens a été prédite à partir de ces données de séquençage en fonction de la présence de déterminants de résistance.

Résultats : Dans l'ensemble, l'incidence du SGAi au Canada était de 6,53 cas pour 100 000 habitants en 2022, une augmentation par rapport au taux de 5,56 cas pour 100 000 habitants en 2021. Au total, 5 201 isolats de SGAi ont été recueillis au cours de l'année 2023, ce qui représente une forte augmentation par rapport aux niveaux observés avant la pandémie de SRAS-CoV-2. Il convient de noter qu'en 2023, le nombre d'isolats prélevés chez des enfants de moins de 15 ans (n = 577) a plus que doublé par rapport au total enregistré en 2019 (avant la pandémie, n = 254). Les types emm les plus courants en 2023 étaient emm1 (24,2 %, n = 1 260) et emm12 (16,6 %, n = 864), ce qui représente une augmentation significative de la prévalence depuis 2019 (p < 0,0001). Ces types étaient également les plus courants dans toutes les régions canadiennes, tant chez les adultes que chez les enfants. En 2023, les taux de résistance aux antimicrobiens s'élevaient à 11,0 % pour l'érythromycine, à 2,3 % pour la clindamycine et à 15,2 % pour la tétracycline.

Conclusion : Les 5 201 isolats de SGAi recueillis au Canada en 2023 constituent le total annuel le plus élevé à ce jour. La hausse des cas de SGAi observée en 2023 a constitué un enjeu majeur de santé publique, notamment en raison du fardeau considérable que représentent les formes invasives de la maladie chez les enfants. Une surveillance continue est essentielle pour comprendre l'évolution de la maladie à SGAi au Canada, en particulier les changements observés dans les types emm et les profils de résistance aux antimicrobiens pendant la période post-pandémique.

Introduction

Le streptocoque du groupe A (SGA, Streptococcus pyogenes) est responsable d'un large éventail de maladies humaines, dont les plus graves sont la bactériémie, le syndrome de choc toxique streptococcique, la fasciite nécrosante et l'endocardite ^{Footnote 1}. Après avoir connu une augmentation constante de leur incidence jusqu'en 2019, les infections invasives à streptocoques du groupe A (SGAi) ont considérablement diminué au Canada pendant la pandémie de SRAS-CoV-2 (COVID-19). En 2022, une augmentation du nombre d'isolats de SGAi soumis au Laboratoire national de microbiologie (LNM) du Canada a été observée par rapport aux années de la pandémie de COVID-19, en particulier en novembre et en décembre 2022 ^{Footnote 2}. Cela a coïncidé avec plusieurs alertes concernant une recrudescence de la maladie invasive à SGA à la fin de 2022, lancées par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS), les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) et l'Organisation panaméricaine de la santé (OPS) ^{Footnote 3Footnote 4Footnote 5}. Cette augmentation rapide du nombre des cas de SGAi s'est accompagnée d'un changement marqué dans la distribution des types emm associés aux infections au Canada, le type emm49 ayant été remplacé par les types emm1 et emm12 prédominants ^{Footnote 2}. Ce rapport présente un résumé des isolats de SGAi prélevés au Canada en 2023.

Méthodes

Programme de surveillance

Comme décrit précédemment, la surveillance des SGAi au Canada consiste en un système passif de surveillance en laboratoire, dans lequel les isolats invasifs de S. pyogenes provenant de tous les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux (à l'exception de l'Alberta) sont envoyés au LNM à Winnipeg pour des analyses supplémentaires ^{Footnote 2}. En 2023, un total de 5 201 isolats de SGAi ont été signalés, dont 4 308 ont été soumis directement au LNM par les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux. Des données relatives à893 isolats supplémentaires recueillis et analysés par le Laboratoire provincial de santé publique de l'Alberta, ont également été fournies (tableau 1). Les sites cliniques normalement stériles comprennent le sang, le liquide céphalorachidien, les tissus profonds, les échantillons de biopsie et de chirurgie, les os et toute source clinique associée à la fasciite nécrosante ou au syndrome du choc toxique.

Les taux d'incidence des SGAi dans la population jusqu'en 2022 a été obtenue auprès du Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire (SCSMDO). Les données démographiques pour les taux d'incidence ont été obtenues à partir des estimations démographiques annuelles du 1^er juillet de Statistique Canada.

Analyse des isolats

Tous les isolats de SGAi soumis au LNM en 2023 ont été analysés par séquençage du génome entier (SGE) à l'aide de la plateforme Illumina. Les isolats ont été confirmés comme étant S. pyogenes grâce à l'analyse de la séquence du gène de l'ARN ribosomique 16S. Le type emm a été déterminé directement à l'aide de la chaîne d'analyse WGS Analysis and Detection of Molecular Markers (WADE) (https://github.com/phac-nml/wade) et de la base de données emm des CDC. L'interprétation de la résistance aux antimicrobiens (sensible, résistance/résistance inductible) a également été prédite à l'aide de WADE, en fonction de la présence ou de l'absence de marqueurs de résistance aux macrolides/lincosamides (ermA, ermB, ermT, mefA/E), de la tétracycline (tetA, tetB, tetM, tetO, tetT) et aux bêta-lactamines (pbp2x).

Des analyses supplémentaires ont été effectuées sur tous les isolats de type emm1 soumis au LNM en 2023 afin de déterminer la prévalence de la nouvelle lignée M1_UK. Les génotypes des isolats M1_UK ont été déterminés en cartographiant les lectures de séquençage du génome entier par rapport à la souche de référence MGAS5005 et en identifiant 27 variants génomiques mononucléotidiques caractéristiques, comme décrit précédemment ^{Footnote 6Footnote 7}.

Analyse des données

Les données démographiques soumises avec les isolats bactériens comprenaient l'âge du patient, le sexe, la source clinique, la province et la date de prélèvement. Les isolats multiples présentant le même type emm et prélevés chez le même patient dans les 21 jours ont été comptés une fois, le site d'isolement jugé le plus invasif étant retenu. Les isolats liés à la méningite ont été considérés comme les plus invasifs, suivis par le sang, puis par les autres sites stériles. Les données du laboratoire ont été regroupées par âge en groupes de moins de 2 ans, de 2 à 4 ans, de 5 à 14 ans, de 15 à 49 ans, de 50 à 64 ans et de 65 ans et plus, et par région en régions de l'Ouest (Colombie-Britannique, Alberta, Saskatchewan, Manitoba), du Centre (Ontario et Québec), de l'Est (Nouveau-Brunswick, Nouvelle-Écosse, Île-du-Prince-Édouard, Terre-Neuve-et-Labrador) et du Nord (Territoires du Yukon, Territoires du Nord-Ouest et Nunavut) du Canada. La signification statistique des tendances a été évaluée à l'aide du test de tendance de Cochran Armitage; une valeur p de < 0,05 étant considérée comme significative.

Résultats

L'incidence globale des SGAi au Canada était de 6,53 cas pour 100 000 habitants en 2022. Bien que cela représente une baisse par rapport au pic de 8,60 cas pour 100 000 habitants atteint en 2018, il s'agit d'une hausse par rapport au faible taux de 5,56 cas pour 100 000 habitants observé en 2021 pendant la pandémie de COVID-19 (figure 1). Nous avons constaté une augmentation spectaculaire du nombre d'isolats de SGAi soumis en 2023 (n = 5 201), soit près du double du nombre d'isolats reçus en 2022 (n = 2 634) et le total annuel le plus élevé enregistré au Canada à ce jour. Après une forte hausse du nombre d'isolats recueillis au cours du quatrième trimestre de 2022 (octobre à décembre), les chiffres ont continué d'augmenter en 2023, pour atteindre un pic au deuxième trimestre de 2023 (avril à juin) (figure 2). Tous les totaux trimestriels d'isolats enregistrés en 2023 étaient nettement supérieurs à ceux du trimestre correspondant de 2019 (niveau d'activité prépandémique des SGAi). Il convient de noter qu'en 2023, le nombre d'isolats prélevés chez des enfants de moins de 15 ans (n = 577) a plus que doublé par rapport au total enregistré en 2019 (avant la pandémie, n = 254). Les soumissions d'isolats pédiatriques ont également atteint un pic au deuxième trimestre de 2023 (figure 2).

Figure 1 - Équivalent textuel

Cette figure est un graphique à barres qui présente l'incidence des cas invasifs de Streptococcus pyogenes pour 100 000 habitants au Canada de 2013 à 2022, par groupe d'âge.

Groupe d'âge (ans)	2013	2014	2015	2016	2017	2018	2019	2020	2021	2022
Moins de 1	9,70	9,17	13,86	7,30	8,68	10,61	8,57	7,55	7,72	7,42
1 à 4	4,59	5,23	4,39	6,41	6,18	6,54	6,41	3,64	1,88	4,85
5 à 9	3,28	3,63	3,61	3,64	3,11	4,35	4,04	1,64	0,63	2,96
10 à 14	2,01	1,37	1,05	1,77	1,74	1,30	1,12	0,67	0,71	1,40
15 à 19	1,02	1,27	1,52	1,34	1,78	2,26	1,82	1,87	0,87	1,07
20 à 24	2,19	2,47	2,71	2,80	3,51	3,91	3,66	3,72	2,87	2,26
25 à 29	3,30	3,69	3,99	5,06	5,04	6,91	6,86	5,67	3,66	4,24
30 à 39	5,27	5,30	5,57	7,55	8,35	9,35	9,42	8,71	7,26	7,18
40 à 59	5,06	5,05	5,39	6,18	7,83	9,90	9,58	9,33	8,44	8,77
Plus de 60	7,20	8,73	8,36	8,70	9,49	12,71	11,98	8,37	6,51	8,85
Tous les âges	4,75	5,17	5,30	6,00	6,82	8,60	8,22	6,87	5,60	6,53

Figure 2 - Équivalent textuel

Cette figure est un diagramme à barres empilées montrant le nombre d'isolats invasifs de Streptococcus pyogenes prélevés chez des patients de moins de 15 ans et chez des patients de 15 ans et plus, de 2019 à 2023, par trimestre.

Date d'isolat	Trimestre	Moins de 15 ans	15 ans et plus	Total
2019 (n = 3 234)	T1	88	857	947
	T2	62	732	796
	T3	37	639	677
	T4	67	744	814
2020 (n = 2 865)	T1	80	852	932
	T2	18	603	623
	T3	25	629	657
	T4	24	628	653
2021 (n = 2 180)	T1	27	509	539
	T2	18	494	517
	T3	22	485	509
	T4	18	593	615
2022 (n = 2 634)	T1	24	580	607
	T2	24	526	552
	T3	32	516	552
	T4	110	811	923
2023 (n = 5 201)	T1	142	1 004	1 153
	T2	190	1 261	1 456
	T3	85	1 046	1 138
	T4	160	1 289	1 454

Parmi les 5 201 isolats de SGAi analysés en 2023, on connaissait l'âge du patient pour 5 177 isolats (99,5 %). Les nourrissons de moins de deux ans représentaient 2,6 % (n = 135), les enfants de 2 à 4 ans 3,0 % (n = 156), les enfants de 5 à 14 ans 5,5 % (n = 286), les adolescents et adultes de 15 à 49 ans 36,3 % (n = 1 886), les adultes âgés de 50 à 64 ans 24,3 % (n = 1 262) et les personnes âgées de 65 ans et plus 27,9 % (n = 1 452). Parmi les isolats pour lesquels l'information sur le sexe était disponible, les isolats provenant de patients de sexe masculin représentaient 57,0 % (n = 2 718) des isolats en 2023. Le sang était le principal site d'isolement clinique, représentant 66,0 % (n = 3 434) des isolats prélevés.

Les types emm les plus répandus globalement en 2023 étaient emm1 (24,2 %, n = 1 260) et emm12 (16,6 %, n = 864), ce qui représente une augmentation significative de leur prévalence depuis 2019 (de 11,9 %, n = 385, p < 0,0001 à 4,2 %, n = 136, p < 0,0001) (figure 3). Après avoir connu une hausse initiale au quatrième trimestre de 2022, la fréquence du type emm12 a atteint un pic au premier trimestre de 2023. Avec 22,1 % des isolats (n = 255), emm12 était le type le plus courant au cours du premier trimestre, avant de voir sa prévalence diminuer tout au long du reste de 2023 (appendice, figure S1). Le type emm1 a connu une augmentation constante de sa prévalence tout au long de 2023, pour atteindre un pic de 30,7 % des isolats (n = 446) prélevés au cours du quatrième trimestre de 2023 (appendice, figure S1). Il convient de noter que 60,3 % (n = 693) des isolats emm1 séquencés en 2023 appartenaient à la nouvelle lignée M1_UK, soit environ le double de la prévalence observée en 2019 (30,8 %, n = 106, p < 0,0001) (figure 4). Parmi les autres types emm ayant affiché des tendances à la hausse significative de 2019 à 2023, on trouve emm41 (2,0 % à 3,6 %, p < 0,0001), emm59 (1,5 % à 3,5 %, p < 0,0001), emm80 (0,8 % à 2,7 %, p < 0,0001), emm82 (1,1 % à 4,3 %, p = 0,0097), emm83 (1,5 % à 3,0 %, p < 0,0001) et emm92 (1,1 % à 3,7 %, p < 0,0001). De nombreux types emm ont affiché des tendances à la baisse significatives (figure 3).

Figure 3 - Équivalent textuel

Cette figure est un graphique à barres affichant le pourcentage de types emm de Streptococcus pyogenes de tous les groupes d'âge de 2019 à 2023, sur la base du nombre total d'isolats analysés annuellement.

Type emm	2019 (n = 3 234)	2020 (n = 2 865)	2021 (n = 2 180)	2022 (n = 2 634)	2023 (n = 5 201)
emm1 (385,216,11,126,1260)Footnote a	11,9 %	7,5 %	0,5 %	4,8 %	24,2 %
emm2 (34,30,9,7,72)	1,1 %	1,0 %	0,4 %	0,3 %	1,4 %
emm3 (115,31,1,0,6)	3,6 %	1,1 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %
emm4 (95,46,11,19,118)	2,9 %	1,6 %	0,5 %	0,7 %	2,3 %
emm5 (15,2,0,4,5)	0,5 %	0,1 %	0,0 %	0,2 %	0,1 %
emm6 (86,72,11,27,29)	2,7 %	2,5 %	0,5 %	1,0 %	0,6 %
emm8 (2,3,2,0,4)	0,1 %	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,1 %
emm9 (21,11,14,7,7)	0,6 %	0,4 %	0,6 %	0,3 %	0,1 %
emm11 (78,68,54,52,73)	2,4 %	2,4 %	2,5 %	2,0 %	1,4 %
emm12 (136,61,22,151,864)	4,2 %	2,1 %	1,0 %	5,7 %	16,6 %
emm22 (34,24,21,44,53)	1,1 %	0,8 %	1,0 %	1,7 %	1,0 %
emm25 (2,0,2,6,5)	0,1 %	0,0 %	0,1 %	0,2 %	0,1 %
emm27 (2,0,7,3,6)	0,1 %	0,0 %	0,3 %	0,1 %	0,1 %
emm28 (159,81,43,49,119)	4,9 %	2,8 %	2,0 %	1,9 %	2,3 %
emm31 (0,2,1,0,2)	0,0 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm33 (2,1,0,1,0)	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm41 (64,60,42,89,185)	2,0 %	2,1 %	1,9 %	3,4 %	3,6 %
emm43 (1,0,2,9,10)	0,0 %	0,0 %	0,1 %	0,3 %	0,2 %
emm44 (6,5,1,4,2)	0,2 %	0,2 %	0,0 %	0,2 %	0,0 %
emm48 (6,0,1,7,4)	0,2 %	0,0 %	0,0 %	0,3 %	0,1 %
emm49 (279,487,468,445,402)	8,6 %	17,0 %	21,5 %	16,9 %	7,7 %
emm53 (142,59,91,100,158)	4,4 %	2,1 %	4,2 %	3,8 %	3,0 %
emm54 (1,0,1,0,2)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm58 (6,4,9,2,20)	0,2 %	0,1 %	0,4 %	0,1 %	0,4 %
emm59 (48,66,115,111,183)	1,5 %	2,3 %	5,3 %	4,2 %	3,5 %
emm63 (1,0,1,2,2)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %	0,0 %
emm66 (0,0,1,1,2)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm68 (7,10,6,3,20)	0,2 %	0,3 %	0,3 %	0,1 %	0,4 %
emm73 (9,6,8,3,5)	0,3 %	0,2 %	0,4 %	0,1 %	0,1 %
emm74 (249,190,161,239,203)	7,7 %	6,6 %	7,4 %	9,1 %	3,9 %
emm75 (59,46,25,23,39)	1,8 %	1,6 %	1,1 %	0,9 %	0,7 %
emm76 (395,428,213,117,111)	12,2 %	14,9 %	9,8 %	4,4 %	2,1 %
emm77 (75,68,59,68,84)	2,3 %	2,4 %	2,7 %	2,6 %	1,6 %
emm78 (3,4,1,0,1)	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm80 (27,96,107,106,143)	0,8 %	3,4 %	4,9 %	4,0 %	2,7 %
emm81 (191,204,138,91,88)	5,9 %	7,1 %	6,3 %	3,5 %	1,7 %
emm82 (35,74,159,235,224)	1,1 %	2,6 %	7,3 %	8,9 %	4,3 %
emm83 (49,50,69,120,156)	1,5 %	1,7 %	3,2 %	4,6 %	3,0 %
emm87 (40,29,20,28,43)	1,2 %	1,0 %	0,9 %	1,1 %	0,8 %
emm88 (0,5,6,7,7)	0,0 %	0,2 %	0,3 %	0,3 %	0,1 %
emm89 (169,106,72,76,138)	5,2 %	3,7 %	3,3 %	2,9 %	2,7 %
emm90 (2,0,2,2,1)	0,1 %	0,0 %	0,1 %	0,1 %	0,0 %
emm91 (39,60,61,48,48)	1,2 %	2,1 %	2,8 %	1,8 %	0,9 %
emm92 (36,81,63,99,195)	1,1 %	2,8 %	2,9 %	3,8 %	3,7 %
emm93 (1,1,1,0,2)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm94 (22,11,9,10,8)	0,7 %	0,4 %	0,4 %	0,4 %	0,2 %
emm101 (49,12,7,5,7)	1,5 %	0,4 %	0,3 %	0,2 %	0,1 %
emm102 (11,14,5,7,8)	0,3 %	0,5 %	0,2 %	0,3 %	0,2 %
emm106 (1,1,0,3,1)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %	0,0 %
emm112 (2,1,0,0,3)	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %
emm114 (3,4,3,7,6)	0.1%	0.1%	0.1%	0.3%	0.1%
emm118 (7,2,7,4,1)	0,2 %	0,1 %	0,3 %	0,2 %	0,0 %
emm122 (0,0,0,14,13)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,5 %	0,2 %
emm151 (1,0,1,2,3)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %	0,1 %
emm161 (2,6,3,0,0)	0,1 %	0,2 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %
emm169 (2,7,16,15,18)	0,1 %	0,2 %	0,7 %	0,6 %	0,3 %
emm183 (3,3,0,1,1)	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm265 (0,0,11,4,4)	0,0 %	0,0 %	0,5 %	0,2 %	0,1 %
Other (25,17,6,31,27)	0,8 %	0,6 %	0,3 %	1,2 %	0,5 %

Figure 4 - Équivalent textuel

Cette figure est une combinaison d'un graphique linéaire et d'un graphique à barres empilées. Les barres indiquent le nombre d'isolats emm1 invasifs de Streptococcus pyogenes, de 2019 à 2023, qui sont de type M1_UK, de type intermédiaire, global ou pour lesquels le test de la lignée emm1 n'a pas été effectué. La ligne illustre la prévalence annuelle en pourcentage de la lignée M1_UK, de 2019 à 2023.

Génotype	2019 (n = 385)	2020 (n = 216)	2021 (n = 11)	2022 (n = 126)	2023 (n = 1 260)
M1UK	106	92	4	47	693
Intermédiaire	15	8	1	2	18
Global	223	88	4	48	438
Non testé	41	28	2	29	111
% M1UK	30,8 %	48,9 %	44,4 %	48,5 %	60,3 %

Les types emm1 et emm12 étaient également les plus courants dans les différentes tranches d'âge et régions. Chez les enfants de moins de 15 ans, les types emm1 et emm12 représentaient respectivement 49,0 % (n = 283) et 25,8 % (n = 149) des isolats (appendice, figure S2). Ces types étaient moins répandus chez les patients âgés de 15 ans et plus, représentant respectivement 21,2 % (n = 974) et 15,5 % (n = 713) des isolats (appendice, figure S3). Au niveau régional, les types emm1 et emm12 représentaient 17,8 % (n = 360) et 14,8 % (n = 299), respectivement, des isolats prélevés dans l'Ouest canadien, 28,6 % (n = 816) et 16,6 % (n = 474) dans le Centre du Canada et 27,0 % (n = 84) (pour chaque type) dans l'Est du Canada (figure 5). Les isolats du Nord du Canada étaient fortement représentés par emm12 en 2023, à 53,8 % (n = 7), bien que seulement 13 isolats aient été soumis par cette région.

Figure 5 - Équivalent textuel

Cette figure est un graphique à barres superposées montrant le nombre d'isolats invasifs de Streptococcus pyogenes prélevés dans chaque région canadienne en 2023, par type emm.

Type emm	Ouest (n = 2 027)	Centre (n = 2 850)	Est (n = 311)	Nord (n = 13)
emm1 (360,816,84,0)Footnote a	360	816	84	0
emm2 (23,45,4,0)	23	45	4	0
emm4 (34,70,14,0)	34	70	14	0
emm6 (23,4,2,0)	23	4	2	0
emm9 (0,7,0,0)	0	7	0	0
emm11 (26,41,6,0)	26	41	6	0
emm12 (299,474,84,7)	299	474	84	7
emm22 (26,22,4,1)	26	22	4	1
emm28 (59,53,7,0)	59	53	7	0
emm41 (99,85,1,0)	99	85	1	0
emm43 (6,4,0,0)	6	4	0	0
emm49 (173,200,27,2)	173	200	27	2
emm53 (64,89,5,0)	64	89	5	0
emm58 (3,13,4,0)	3	13	4	0
emm59 (115,67,1,0)	115	67	1	0
emm68 (4,16,0,0)	4	16	0	0
emm74 (113,89,1,0)	113	89	1	0
emm75 (23,11,5,0)	23	11	5	0
emm76 (61,48,0,2)	61	48	0	2
emm77 (25,43,16,0)	25	43	16	0
emm80 (38,105,0,0)	38	105	0	0
emm81 (52,35,1,0)	52	35	1	0
emm82 (89,130,4,1)	89	130	4	1
emm83 (73,83,0,0)	73	83	0	0
emm87 (4,34,5,0)	4	34	5	0
emm88 (3,4,0,0)	3	4	0	0
emm89 (36,80,22,0)	36	80	22	0
emm91 (36,12,0,0)	36	12	0	0
emm92 (127,57,11,0)	127	57	11	0
emm94 (0,8,0,0)	0	8	0	0
emm101 (7,0,0,0)	7	0	0	0
emm102 (2,5,1,0)	2	5	1	0
emm122 (0,13,0,0)	0	13	0	0
emm169 (3,15,0,0)	3	15	0	0
Autres (21,72,2,0)	21	72	2	0

Sur demande, le LNM fournit une assistance aux laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour les enquêtes sur les éclosions et les grappes de cas de SGAi (y compris les isolats non invasifs issus du dépistage) et les augmentations de certains types emm dans les provinces et territoires. En 2023, le LNM participé à l'analyse d'une augmentation du type emm12 signalée par une administration et à 11 enquêtes sur des éclosions menées par diverses administrations, dont emm1 (deux éclosions de n = 3 cas), emm12 (deux éclosions de n = 2, deux de n = 4), emm49 (deux éclosions de n = 2 et n = 14), emm53 (n = 14), emm80 (n = 6), emm82 (n = 4) et une éclosion de multiples types emm (emm49,2, emm83,1 et emm87, n = 14). Cela représente une hausse par rapport au nombre de demandes enregistrées au cours des années précédentes.

La résistance aux antimicrobiens chez les isolats de SGAi est présentée dans la figure 6. La résistance à l'érythromycine a augmenté de manière significative, passant de 7,0 % en 2019 à 11,0 % en 2023 (p < 0,0001), tandis que la résistance à la tétracycline a diminué de manière significative, passant de 25,1 % à 15,2 % (p < 0,0001). La résistance à la clindamycine est restée relativement stable au cours de la période d'étude (2,3 % à 4,3 %). Aucune résistance à la pénicilline n'a été observée. Les types emm associés à une résistance à l'érythromycine ainsi qu'à une résistance acquise et inductible à la clindamycine comprenaient le type emm11 (95,7 % de résistance à l'érythromycine, n = 67; 27,1 % de résistance acquise à la clindamycine, n = 19; 45,7 % de résistance inductible à la clindamycine, n = 32), emm53 (13,4 %, n = 18; 12,7 %, n = 17; 0,7 %, n = 1), emm77 (91,0 %, n = 71; 2,6 %, n = 2; 88,5 %, n = 69), emm83 (43,9 %, n = 65; 1,4 %, n = 2; 42,6 %, n = 63) et emm92 (97,5 %, n = 153; 1,9 %, n = 3; 94,9 %, n = 149) (appendice, tableau S1).

Figure 6 - Équivalent textuel

Cette figure est un graphique linéaire affichant le pourcentage de tous les isolats invasifs de Streptococcus pyogenes déterminés comme étant résistants à l'érythromycine, à la clindamycine et à la tétracycline chaque année, de 2019 à 2023.

Isolats	2019	2020	2021	2022	2023
ERY-R	7,0 %	11,2 %	14,6 %	14,1 %	11,0 %
CLI-R	2,5 %	3,1 %	4,3 %	3,0 %	2,3 %
TET-R	25,1 %	29,1 %	34,8 %	20,8 %	15,2 %

Discussion

En 2022, 2 544 cas de SGAi ont été signalés au SCSMDO, avec un taux d'incidence national de 6,53 cas pour 100 000 habitants. Ce taux est légèrement supérieur à celui observé en 2021 (5,56 cas pour 100 000 habitants), où les mesures de lutte contre la pandémie de COVID-19 ont eu un effet marqué sur la propagation des agents pathogènes se transmettant par voie respiratoire, notamment S. pyogenes. À partir de la fin de 2022, le Canada a commencé à observer une forte augmentation du nombre d'isolats de SGAi soumis aux analyses. Cette hausse inquiétante a également été observée à l'échelle mondiale par l'OMS, les CDC et l'OPS ^{Footnote 3Footnote 4Footnote 5}. Le nombre de soumissions d'isolats a continué d'augmenter au début de 2023, pour atteindre un pic au deuxième trimestre, tout en demeurant nettement supérieur aux niveaux observés avant la pandémie. Bien que l'incidence en 2023 ne soit pas disponible au moment de la publication, la forte augmentation du nombre d'isolats soumis à des tests en 2023 (n = 5 201) par rapport au nombre annuel le plus élevé rapporté au SCSMDO en 2018 (n = 3 190) suggère que l'incidence de SGAi en 2023 était plus élevée qu'en 2022.

Les premiers rapports sur l'augmentation mondiale des cas de SGAi observée à la fin de 2022 indiquaient que les types emm1 et emm12 étaient les principaux responsables des infections à SGAi, une tendance qui s'est poursuivie en 2023 ^{Footnote 8Footnote 9Footnote 10Footnote 11}. Au Canada, la prévalence de emm12 a connu une hausse marquée à la fin de 2022. Cette tendance s'est poursuivie jusqu'au début de 2023 avant de reculer à nouveau avant la fin de l'année. Le type emm1 a également vu sa prévalence augmenter à la fin de 2022. En revanche, celle-ci a continué de croître pendant la saison des virus respiratoires 2023–2024. Des études récentes indiquent une surreprésentation du type emm1 chez les patients gravement malades, en particulier pour la lignée hypervirulente M1_UK ^{Footnote 12Footnote 13}. Une étude menée auprès de patients atteints d'infections à S. pyogenes admis dans des unités de soins intensifs belges a révélé que 73 % des isolats prélevés étaient de type emm1, dont 83 % appartenaient au type M1_UK ^{Footnote 12}. Une deuxième étude sur la méningite à SGAi menée aux Pays-Bas a relevé un taux de 86 % de type emm1 au cours de la saison 2022–2023, dont 79 % étaient de type M1_UK ^{Footnote 13}. On a suggéré que l'accumulation de variations mononucléotidiques au sein de la lignée M1_UK confère un avantage adaptatif en matière de pathogénicité, de transmission et de persistance, et cette lignée présente une plus grande stabilité génomique que la lignée ancestrale M1_global ^{Footnote 7Footnote 14}. Le génotype M1_UK a connu une augmentation considérable au Canada, passant de 48,5 % en 2022 à 60,3 % en 2023, ce qui représente désormais près du double de sa prévalence d'avant la pandémie de COVID-19. Cette augmentation rapide au fil du temps laisse croire que la lignée M1_UK remplacera bientôt la lignée M1_global au Canada. Bien que la prévalence au Canada soit nettement supérieure à la dernière valeur publiée aux États-Unis (11 %) ^{Footnote 15}, plusieurs pays européens ont publié des taux de M1_UK allant de 70 % à 95 % ^{Footnote 11Footnote 14Footnote 16}.

La croissance rapide des types emm1 et emm12 a entraîné un remplacement important des autres types emm qui étaient encore courants au Canada il y a peu. En particulier, la prévalence de emm49 avait augmenté rapidement, pour atteindre un pic en 2021, année où emm1 avait pratiquement disparu. En 2023, le LNM a participé à trois analyses d'éclosions impliquant emm49. Dans l'ensemble, il a été constaté que les isolats emm49 présentaient une grande similitude génétique à l'échelle du pays. Une récente étude de surveillance génomique de la maladie à SGAi menée en Arizona a mis en évidence une expansion clonale semblable de emm49, accompagnée d'une diversité génomique limitée ^{Footnote 17}. Comme les types emm ont tendance à fluctuer selon un « comportement épidémique » à mesure que les populations développent une immunité ^{Footnote 1}, et comme emm49 est si génétiquement homogène partout au Canada, il est probable qu'il ait été très facilement remplacé par les types emm1 et emm12.

Comme prévu, S. pyogenes est resté entièrement sensible à la pénicilline, qui est le traitement de première ligne. Les taux de résistance à l'érythromycine, le traitement de deuxième ligne, sont demeurés élevés, et les souches de type emm couramment prélevées au Canada et présentant des taux élevés de résistance (supérieurs à 40 %) étaient semblables à ceux décrits dans les rapports antérieurs de 2020 et de 2021–2022 ^{Footnote 2Footnote 18}. Au Canada, la résistance à la clindamycine est demeurée faible en 2023, à 2,3 %. Cela contraste avec les rapports provenant d'Europe qui font état d'une hausse des taux de résistance à la clindamycine à la suite de la pandémie de COVID-19, notamment 17,5 % en Espagne et 28,2 % en Irlande ^{Footnote 19Footnote 20}. Le présent rapport constitue également la première publication dans le cadre de ce système de surveillance de données sur la résistance à la tétracycline, un agent antimicrobien de niveau 2 selon la définition du Clinical and Laboratory Standards Institute ^{Footnote 21}. Bien que le LNM n'ait pas testé la tétracycline à l'aide de la méthode des disques utilisée auparavant, celle-ci est désormais prise en compte dans les prévisions de résistance fondées sur le séquençage du génome entier. Le nombre variable d'isolats analysés avant 2023 a peut-être influencé les taux de résistance présentés à la figure 6. Toutefois, 2023 correspond à une année complète de données et affiche un taux de résistance de 15,2 %. Les taux récents de résistance à la tétracycline variaient d'un pays à l'autre, avec notamment des taux de résistance de 43 % et de 8,3 % en Irlande et en Afrique du Sud, respectivement ^{Footnote 20Footnote 22}.

Forces et limites

Il convient d'être prudent dans l'interprétation des données présentées dans ce rapport, car l'interprétation globale des résultats est limitée aux seuls isolats disponibles pour les analyses. Les provinces et territoires peuvent ne soumettre qu'un sous-ensemble de leurs isolats au LNM pour analyse. Le système de surveillance en laboratoire présente également une limite, car il ne recueille pas de données épidémiologiques approfondies permettant de stratifier les données de typage emm en fonction de l'issue, des manifestations ou des facteurs de risque, alors qu'il s'agit d'informations essentielles pour mieux comprendre l'évolution de la maladie à SGAi au Canada. Afin de combler ces lacunes en matière de surveillance, l'Agence de la santé publique du Canada, en collaboration avec ses partenaires provinciaux et territoriaux, prévoit de mettre en œuvre un système national amélioré de surveillance des SGAi dès 2024.

Conclusion

Après plusieurs années marquées par un nombre de cas de SGAi inférieur à la normale en raison de la pandémie de COVID-19, le nombre d'isolats a connu une forte remontée en 2023, pour atteindre le total annuel le plus élevé enregistré au Canada. L'augmentation spectaculaire du nombre d'isolats prélevés chez des enfants de moins de 15 ans a suscité une inquiétude particulière. Les types emm1 et emm12 ont représenté les types les plus courants dans l'ensemble, tant par groupe d'âge que par région géographique, dépassant de loin le type auparavant le plus courant, emm49. Nous ne savons pas si ces types emm continueront de dominer à l'avenir, ou si leur répartition s'équilibrera au fil des années dans la période post-COVID-19. Il sera essentiel de maintenir une surveillance exhaustive, notamment en intégrant les données épidémiologiques par l'entremise du système national de surveillance renforcée des SGAi prévu, afin de mieux comprendre l'évolution épidémiologique de la maladie à SGAi au Canada.

Déclaration des auteurs

A. R. G. — Analyse formelle, conservation des données, visualisation, rédaction–version originale, révision et édition de la version finale
A. G. — Analyse formelle, validation, investigation, conservation des données, visualisation, rédaction–révision et édition
G. J. T. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
J. V. K. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
A. M. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
M.-C. D. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
J. M. G. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
J. Minion — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
P. V. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
C. B. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
D. H. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
Y. Y. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
X. D. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
L. S. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
J. McFadzen — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
C. P. — Rédaction–révision et édition
I. M. — Conceptualisation, validation, méthodologie, supervision, administration du projet, rédaction–révision et édition

Intérêts concurrents

Aucun.

Identifiants ORCID

Alyssa R Golden — 0000-0002-1788-1794
Gregory J Tyrrell — 0000-0002-5276-2416
Julianne V Kus — 0000-0001-6033-7244
Allison McGeer — 0000-0001-5647-6137

Remerciements

Nous remercions Angela Yuen, Rachel Hink et Anastasia Anistratov de la section des maladies bactériennes invasives du Laboratoire national de microbiologie pour leur assistance technique en laboratoire, ainsi que le personnel des laboratoires provinciaux et de santé publique du Canada pour leur participation au programme national de surveillance en laboratoire.

Financement

Ce projet a été soutenu par un financement interne de l'Agence de la santé publique du Canada.

Appendice

Des documents supplémentaires sont disponibles sur demande auprès de l'auteur : alyssa.golden@phac-aspc.gc.ca

Les données sur les types emm peuvent également être consultées en format interactif sur la page Infobase santé de la Surveillance nationale en laboratoire des infections invasives à streptocoques au Canada (eSTREP).

Figure S1 : Nombre d'isolats invasifs de Streptococcus pyogenes prélevés chaque trimestre pour emm1, emm12 et tous les autres types emm, 2023

Figure S2 : Prévalence des types emm invasifs de Streptococcus pyogenes isolés chez des patients de moins de 15 ans en 2023 (n = 577)

Figure S3 : Prévalence des types emm invasifs de Streptococcus pyogenes isolés chez des patients âgés de 15 ans et plus en 2023 (n = 4 600)

Tableau S1 : Pourcentage d'isolats de Streptococcus pyogenes résistants aux macrolides et aux lincosamides prélevés en 2023, par type emm