Partie 1 : Exécution (art. 6 à 10)
En vertu de la LCPE 1999, le ministre doit constituer un comité consultatif national (CCN) composé de représentants de tous les gouvernements provinciaux et territoriaux et de six représentants de gouvernements autochtones de diverses régions du Canada. En incluant une représentation des Autochtones, la LCPE 1999 reconnaît explicitement le rôle croissant à assumer par les peuples autochtones en matière de protection de l'environnement, conséquemment à l'autonomie gouvernementale. Ce sont les autres gouvernements, et non le ministre fédéral, qui doivent nommer les membres du CCN.
Le CCN aura entre autres pour fonctions de conseiller le ou les ministres fédéraux sur :
- les projets de réglementation des substances toxiques;
- les projets de réglementation sur les urgences environnementales;
- une approche coopérative et coordonnée de la gestion des substances toxiques;
- toute autre question d'intérêt commun.
Le CCN donne des avis aussi bien techniques que stratégiques. Il s'agit d'un mécanisme consultatif visant à garantir que les gouvernements provinciaux, territoriaux et autochtones sont tenus au courant des mesures proposées relativement à la LCPE 1999 et que leurs conseils et préoccupations sont considérés.
L'article 7 permet à chacun des ministres de constituer d'autres comités consultatifs pour étudier des questions précises.
Le gouvernement fédéral a conclu un nombre d'accords relatifs à l'exécution avec les provinces et les territoires, dans des domaines aussi divers que l'impôt et l'immigration. En vertu de la LCPE 1999, les accords correspondent à des dispositions sur le partage du travail qui peuvent toucher toute question relative à l'exécution de la loi, y compris les inspections, les enquêtes, la collecte d'information, la surveillance, et la livraison des données recueillies. Ces accords n'enlèvent aucune responsabilité que la loi confie au gouvernement fédéral, et ils ne transfèrent aucun pouvoir législatif entre les gouvernements impliqués.
La LCPE 1999 permet aussi au gouvernement fédéral de conclure des accords relatifs à l'exécution avec les gouvernements ou peuples autochtones (p. ex. les conseils de bande aux termes de la Loi sur les Indiens qui ne satisfont pas aux critères de la définition de gouvernement autochtone).
La LCPE 1999 comporte également des dispositions sur les accords d'équivalence. Ceux-ci sont des arrangements en vertu desquels un règlement de la LCPE ne s'applique plus dans une province, un territoire ou une région administrée par les Autochtones, et qui a des exigences équivalentes. Ces exigences n'ont pas besoin d'être formulées comme le règlement rattaché à la LCPE, mais il doit être reconnu que leur effet est le même. Le gouvernement provincial, territorial ou autochtone doit aussi avoir prévu un mécanisme permettant qu'une personne demande une enquête sur des infractions alléguées. Des accords d'équivalence peuvent être établis pour les règlements de la LCPE qui portent sur les substances toxiques, la pollution de l'air ou de l'eau à l'échelle internationale, les urgences environnementales et, uniquement dans le cas des gouvernements autochtones, les règlements pris en vertu de la partie 9 et concernant les terres autochtones ou la protection de l'environnement en général.
La Loi exige que tous les accords relatifs à l'exécution et à l'équivalence soient soumis au public pour une période de consultation de 60 jours et qu'ils se terminent cinq ans après leur entrée en vigueur.